El clima en los Andes del Perú puede ser dividido básicamente en dos estaciones: húmeda o de lluvias, y seca. Aunque el clima en la zona del Camino Inca es, generalmente, templado durante todo el año, la mejor época para realizar el trekking es durante la estación seca (entre abril y octubre), ya que de noviembre a marzo, las lluvias son frecuentes y el camino puede convertirse en un peligroso y resbaladizo lodazal.

En total, la estación seca es de mayo a septiembre. Hay días generalmente soleados, y por ende, tibios, mientras que las noches pueden ser muy frías.

La temporada húmeda es de noviembre a mayo, pero de lluvia propiamente dicha es de enero a marzo. En esta época, habitualmente el Camino Inca permanece cerrado, por el peligro que significan los frecuentes derrumbamientos o "huaycos".

La temperatura media anual oscila entre los 20.4 ºC y los 26.6 ºC. La conformación geográfica del suelo del Camino Inca es sumamente accidentada. Presenta numerosas quebradas y cursos de agua de origen glaciar, que confluyen en el Río Urubamba, que cruza la zona formando un profundo valle, por más de 40 kilómetros, en una sucesión de diferentes pisos ecológicos. El escenario natural es impresionante. Tanto por el notable equilibrio logrado entre la naturaleza y la obra arquitectónica Inca, como el impresionante marco que le antepone la presencia de los nevados de la zona de Vilcabamba, que ostentan alturas superiores a los 6,000 metros sobre el nivel del mar.

En el entorno del Camino Inca, además, se confabulan selvas y valles, que crean imágenes de fantasía, donde los amaneceres y atardeceres constituyen espectáculos de grandeza y misterio.