Dans les Andes du Pérou, le climat est divisé en saison sèche et saison des pluies. Dans la zone du Chemin de l'Inca, le climat est généralement tempéré tout au long de l'année. Il est préférable de réaliser le trekking en saison sèche ( entre avril et octobre). De novembre à mars, les pluies sont fréquentes et le chemin peut devenir un bourbier glissant et dangereux.

Au cours de la saison sèche, de mai à septembre, les journées sont ensoleillées et tièdes et les nuits très froides.

En saison des pluies, de novembre à mai, les précipitations sont surtout très fortes de janvier à mars. A cette époque, le Chemin de l'Inca est fermé en raison du danger dû aux fréquents effondrements ou " huaycos ".

La température moyenne annuelle oscille entre 20.4 et 26.6ºC.

La conformation géographique du sol du Chemin de l'Inca est très accidentée. Elle comprend de nombreuses gorges et cours d'eau d'origine glaciaire confluant dans l'Urubamba, fleuve traversant la zone sur 40 kilomètres en formant une vallée, succession de différents étages écologiques.

Le cadre naturel est impressionnant. Un équilibre parfait existe entre la nature et l'œuvre architectonique inca. Le paysage est dominé par les glaciers de la zone de Vilcabamba à plus de 6000 mètres d'altitude.
La jungle et les vallées entourant le Chemin de l'Inca créent des images fantastiques, l'aube et le crépuscule deviennent des spectacles grandioses et mystérieux.